La destilería original Clynelish fue construida en la tierra fértil de la franja costera de Sutherland. Por un costo de sólo £ 750 en 1819, el futuro duque de Sutherland fue capaz de proporcionar un mercado para el grano cultivado por sus arrendatarios. Es a partir de estos orígenes que somos capaces de disfrutar del gran prestigio que Clynelish tiene en la actualidad.

Tal fue su reputación en esos primeros días, que durante muchos años, sólo se suministraba a clientes privados.

Sin embargo, menos de cincuenta años después, la recesión económica de 1931 obligó a cerrar la destilería. La producción se reinició en 1938, sólo para cerrar de nuevo a partir de mayo de 1941 hasta noviembre 1945, debido a las restricciones en el suministro de cebada durante la Segunda Guerra Mundial.

En la década de 1960, Clynelish se puso al día cuando se instaló la electricidad y lo que anteriormente era calentado por un horno de carbón se convirtió en vapor de calefacción interior. Luego, Clynelish fue sustituida por una nueva destilería construida en un sitio adyacente en 1967-68.